cytoscape破解版 V3.8.2 绿色免付费非破解版下载[绿色软件]
- 运行环境:
软件语言:简体中文
软件类型:系统应用 - 绿色软件
授权方式:免费
推荐星级:
官方主页:www.233122.com
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插件情况:
解压密码:www.xiamiku.com
软件大小:5.00 MB
更新时间:2021-04-22 00:41:00
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cytoscape中文破解版是一款方便易用的信息数据分析编辑软件。该软件界面美观,可以让我们分析各种数据,通常被使用在生物信息分析等领域,通过多种形式的网络图形为用户显示分析结果,让我们可以更方便地了解数据之间的关联和变化趋势。
【功能特点】
以多种标准格式加载分子和遗传相互作用数据集
项目和集成全局数据集和功能注释
在这些数据之间建立强大的可视化映射
使用细胞视图应用程序执行高级分析和建模
可视化和分析人为策划的路径数据集,如维基路径、反应堆和KEGG。
【使用说明】
1. 安装并打开Cytoscape
2. 导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络
网络文件格式包括:TXT、SIF、GML等,在Cytoscape安装目录下有Sample Data,是部分网络文件的示例。
本地导入参考物种的蛋白互作网络
Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因,在导入网络时要在Advanced Options中取消用第一行作为列名。
然后选择每一列数据的属性,包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等,同时对应不同颜色和图标标记。
导入后,右上部窗口内展示蛋白互作网络图,右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。
从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络
例如要导入某个物种的蛋白质互作网络:选择物种和想要查看的数据库,搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库,导入数据(时间稍长)。
3. 在Layout选项下可以选择方便观测的布局(默认导入的布局方式为Perfuse Force Directed Layout)。
4. 设置网络节点和边的风格 (Style)
在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如:选择Shape为圆形、Fill Color为灰色、节点的高度 (Meight) 和宽度 (Width) 为50.0。
在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如,将连线的颜色设置为蓝色,同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。
5. 导入差异表达基因及其属性列,映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。
选取目标网络、设置关键列 (Column1)、选择需要的节点属性列(可以选取多列,本例选取Column2,并重命名为Label,其中为up/down数据)。
6. 根据上下调基因 (up/down) 标示网络,定义上调基因 (up) 为红色,下调基因 (down) 为蓝色。
7. 导出数据
导出图像Export Network as Graphics。
导出数据 Export Table。
可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。
在弹出窗口编辑导出文件名。
【下载地址】
cytoscape破解版 V3.8.2 免费版
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